Folding@home (FAH) est un projet d’informatique distribuée de l’université de Stanford afin de simuler la dynamique des protéines, un enjeu pour la compréhension de nombreuses maladies.
Depuis son lancement il y a près de 19 ans, il permet à des volontaires, qui installent un logiciel sur leur ordinateur, de donner des ressources de traitement de ce dernier quand il ne fait rien, à des projets de leur choix.
Avec le temps, le projet s’est perfectionné pour pouvoir aussi tirer parti de la puissance de calcul des cartes graphiques des volontaires, voire de consoles de jeux vidéo ou de quelques ordiphones.
Fin février, FAH a lancé un appel aux volontaires pour les aider à étudier COVID-19, le cousin du SARS qui est à l’origine de la pandémie qui sévit actuellement dans le monde entier.
Pour les deux coronavirus, la première étape de l’infection est la même : une protéine à la surface du virus (en rouge sur l’illustration suivante) se colle à la protéine réceptrice d’une cellule du poumon : l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2).
Un anticorps thérapeutique est un type de protéine qui peut empêcher la protéine virale de s’ancrer à son récepteur, empêchant ainsi le virus d’infecter la cellule du poumon.
Un tel anticorps a déjà été développé pour le SARS. Pour en développer un pour COVID-19, les scientifiques ont besoin de connaître la structure de la protéine crampon du virus et comment elle s’attache à la protéine ACE2.
Ce qui est l’objet de l’appel.
Il y a quelques jours, le docteur Greg Bowman, en charge de FAH, annonçait que le projet avait à sa disposition 470 petaFLOPS de capacité de calcul. C’est deux fois plus que la capacité maximale du plus puissant super-ordinateur actuel : le Summit du Laboratoire national d’Oak Ridge dans le Tennessee, construit par IBM.
Dimanche, on obtenait l’une des premiers aperçus de la protéine crampon :
Full length SARS-CoV-2 spike protein with glycans running in MD shows vastly altered accessibility for small molecules and antibodies (aka #glycotime for the #COVID19 #demogorgon) @LCasalino88 (movie) @zied_gaieb @abbydommer @AmaroLab pic.twitter.com/uNtLvYDCRn
— Rommie Amaro (@RommieAmaro) March 22, 2020
Il est toujours possible de participer au projet. Car les protéines ont de nombreux éléments mobiles, et c’est la capture de la protéine en action qui aidera les scientifiques.